Більшість відомих на сьогодні серинових протеїназ мають подібні амінокислотні ланцюги зі схожою третинною будовою і тому вважаються еволюційно спорідненими. (Бактеріальна СП субтилізин має з">
Більшість відомих на сьогодні серинових протеїназ мають подібні амінокислотні ланцюги зі схожою третинною будовою і тому вважаються еволюційно спорідненими. (Бактеріальна СП субтилізин має зовсім відмінну від решти послідовність амінокислот і третинну будову). Спільна ознака усіх СП – тріада амінокислот, яка складає їхню каталітичну ділянку . Це три жорстко зафіксованих у просторі залишки серину, гістидину і аспарагінової кислоти, які забезпечують гідроліз амідних і складноефірних зв’язків, що потрапляють в зону його дії.
Такий гідроліз відбувається внаслідок унікальної здатності серинового залишку каталітичної тріади ( у хімотрипсину він знаходиться в положенні 195) ацилюватися субстратом. Вважається, що при взаємодії карбоксильної групи субстрату із серином гідролітичного центру утворюється високоенергетична проміжна сполука, яка перетворюється на ацил-фермент з наступним його гідролізом:
Близьке розташування трьох залишків амінокислот – Асп, Сер,Гіс – привело до формулювання класичної на сьогодні гіпотези активації оксигрупи Сер 195 шляхом переносу протона на Асп 102 по так званому ланцюгу переносу заряду:
Відмінності у специфічності СП зумовлені різницею в будові “кишеньки”, яка звязує боковий ланцюг амінокислоти, по якій іде гідроліз зв’язку. В молекулі хімотрипсину є чітко виражена кишенька, що зв’язує великі гідрофобні бокові ланцюги. В молекулі трипсину на дні аналогічної “кишеньки” замість серину знаходиться залишок аспарагінової кислоти. Здатність від’ємно зарядженої карбоксильної групи утворювати іонний зв’язок із додатньо зарядженими групами лізину чи аргініну визначає різницю в специфічності дії хімотрипсину і трипсину: якщо хімотрипсин розщеплює поліпептидний ланцюг по фенілаланіну, тирозину, триптофану і – в меншій мірі – по лейцину, то трипсин специфічно гідролізує зв’язки, утворені карбоксильними групами лізину і аргініну. Направленість дії фермента задається в першу чергу специфічністю такої “гідрофобної кишеньки”(її позначають S1). У випадку СП з більш складною організацією можливе існування додаткових зв’язуючих ділянок, розташованих у досить автономних доменах молекули. Прийнято вважати, що ці ділянки забезпечують високоспецифічне розпізнавання ферментами своїх фізіологічних субстратів і забезпечують необхідну послідовність гідролітичного процесу, а також деякі стадії взаємодії фермента з його нативним білковим інгібітором.
Окрім вищезгаданих ділянок міжмолекулярної взаємодії СП мають ще й регуляторну (ефекторну) ділянку. Зв’язування нею відповідного ліганда (ефектора) приводить активний центр ферменту в активований стан. Саме наявність таких ділянок пояснює явище субстратної активації – нелінійного зростання швидкості гідролізу по мірі збільшення концентрації субстрату.
Крім того, усі серинові протеїнази є кальцій-залежними білками, що містять одну кальцій-зв’язуючу ділянку. Зв’язування іонів кальцію такого роду ділянками збільшує стабільність молекули, підвищує її стійкість до денатураційних впливів і уповільнює процес автолізу фермента.
Регуляція активності СП здійснюється трьома основними шляхами, які знаходяться у складному взаємозв’язку:
- утворенням протеаз у вигляді неактивних попередників (проферментів, зимогенів) з перетворенням їх у активні форми під дією ферментів-активаторів тільки у фізіологічно передумовлених органелах;
- локалізацією ферментів всередині спеціальних утворів, оточених мембраною (лізосом у тварин; вакуолей і білкових тіл у рослин);
- присутністю в клітинах і тканинах специфічних білків, що діють як інгібітори – серпінів.
